W przyrodzie woda oczyszcza się w sposób naturalny, jednak akwaria są stworzone przez człowieka i dlatego musimy sztucznie utrzymywać w nich równowagę.
Filtr akwariowy sprzyja mieszaniu się warstw wody i zmniejsza różnicę temperatur między powierzchnią a dnem. Weźmy taki przykład: jeżeli wysokość akwarium jest wyższa niż 40 cm, różnica temperatur pomiędzy dnem a powierzchnią wody w akwarium wynosi do 3ºC. Takie dysproporcje nie odpowiadają ani rybom, ani roślinom akwariowym.
Filtr służy również do usuwania zanieczyszczeń mechanicznych, glonów i bakterii. Elementem filtra w jednej z warstw powinien być węgiel aktywny, który usuwa z wody produkty chemiczne z pochodzących z ryb.
Podstawowym czynnikiem podziału filtrów akwariowych jest ich umiejscowienie. Dzielą się one na zewnętrzne i wewnętrzne. Najskuteczniejsze są filtry zewnętrzne, które usuwają najwięcej nieczystości. Jak sama nazwa wskazuje – są one umieszczane poza akwarium. Zaletą filtrów zewnętrznych jest możliwość zastosowania większej ilości mediów filtracyjnych. Równocześnie w większym stopniu zachodzi filtracja biologiczna. Filtr wewnętrzny umieszczany jest bezpośrednio w zbiorniku akwariowym i poprzez przepływ wody wciąga zanieczyszczenia do porowatej powłoki. Zaletami takich filtrów jest ich niska cena zakupu oraz to, że nie ma konieczności odprowadzania węży z akwarium. Oba filtry wymagają jednak częstej konserwacji, ponieważ silnie zabrudzony filtr zwraca zatrutą wodę z powrotem do akwarium.
Warto również wspomnieć, że istnieją filtry glebowe, które są rzadziej stosowane. Znajdują się one na dnie akwarium pod żwirem i dlatego są trudne do czyszczenia.
Powinniśmy również wiedzieć, że filtracja jest biologiczna, mechaniczna i oczywiście chemiczna.
Filtracja mechaniczna pomaga nam usunąć z wody zanieczyszczenia, które są widoczne dla oka, takie jak odchody ryb, resztki pokarmu czy części roślin. Należy jednak pamiętać, że wkłady filtracyjne (np. pianka w filtrze) muszą być regularnie wyjmowane z filtra i czyszczone (wykręcane). Jeżeli nie będzie się tego robić regularnie, filtr nie będzie spełniał swojej funkcji i sytuacja będzie taka sama, jak gdyby brud gnił na dnie akwarium.
Filtracja biologiczna opiera się na zasadzie obecności bakterii w medium filtracyjnym. Tutaj, obecność bakterii przekształca odpady w akwarium w mniej toksyczne substancje. Bakterie przekształcają toksyczny amoniak (NH3) w toksyczny azotyn (NO2), a następnie w mniej toksyczny azotan (NO3). Azotany w wodzie nie są tak szkodliwe jak substancje toksyczne, ale musimy usunąć je z akwarium poprzez regularną wymianę wody, w przeciwnym razie ryby nie będą się rozwijać i będziemy mieli więcej glonów tworzących się w akwarium.
Filtracja chemiczna jest równie ważna w akwarium. Tutaj chodzi o czyszczenie węglem akwarystycznym. Usuwa z wody zanieczyszczenia, które są niewidoczne dla oka.
Bardzo ważną informacją jest konieczność utrzymywania filtra włączonego przez cały czas i nie wyłączania go nawet w nocy! Jeżeli wyprodukowane tzw. bakterie nitryfikacyjne nie będą miały wystarczającej ilości tlenu, zaczną obumierać. Dlatego też w celu przeprowadzenia konserwacji wyłączamy filtr na maksymalnie pół godziny.